Το Ε.Ε.Ε.Ε.Κ. Χανίων ξεκίνησε τη λειτουργία του το σχολικό έτος 2003-2004. Είναι Δημόσιο Σχολείο Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης, ανήκει στη Διεύθυνση Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Χανίων και συστεγάζεται στο Λύκειο Ακρωτηρίου στον Προφήτη Ηλία στα Κουνουπιδιανά.
Οι σκοποί και οι στόχοι του Ε.Ε.Ε.Ε.Κ. είναι να αποκτήσουν οι μαθητές γενική και πρακτική προεπαγγελματική ή επαγγελματική εκπαίδευση ανάλογη με τις δυνατότητές τους, να ενταχθούν στην παραγωγική διαδικασία και να εξελιχτούν ισότιμα μέλη της κοινωνίας που ζουν.
Να αναπτύξουν δεξιότητες επικοινωνίας ώστε γίνουν πιο ανεξάρτητοι στη καθημερινή τους ζωή, καθώς και να υπάρξει αλλαγή στάσης και ευαισθητοποίηση απέναντι στα ΑμεΑ με όραμα μια ανθρώπινη και πιο αξιοπρεπή κοινωνία.